Mindenütt lefegyvereztette a magyar nemzetőrséget, de nem korlátozta a román fölkelők működését. A román terrorista csapatok így hamarosan valóságos irtó hadjáratba kezdtek ellenünk magyarok ellen. Ezzel totális etnikai tisztogatást indítottak Magyarország területén.

• Az első mészárlásra 1848. október 14-én került sor, Kisenyeden. Ezt a települést a magyarok annyira biztonságosnak gondolták, hogy még a szomszédos településekről is ide jöttek védelmet keresni. A román csapatok ostromolni kezdték a falut, de a mieink több napig kitartottak. Végül aztán letették a fegyvert, mire a románok 140 embert – férfit, nőt, gyermeket – lemészároltak.
• Pár nappal később Székelykocsárdot pusztította el egy felkelő csapat, itt összesen 60 magyart végeztek ki, állítólag olyan kegyetlenséggel, hogy a falu három lakosa, aki elbújt a románok elől, látva a borzalmakat felakasztotta magát.
• Szintén októberben a Bél település melletti Boklyán 30 magyart gyilkoltak le.
• Gerendkeresztúron 200 magyart gyilkoltak meg.
• Balázsfalván és környékén 400 magyart mészároltak le.
• Szintén legyilkolták Mikeszásza teljes magyar lakosságát.
• Zalatna bányavárost felgyújtották, a menekülő lakosságot Ompolygyepű határában lemészárolták. 700 magyar esett itt áldozatul.
• Október 23-án Boroskrakkó és a környező települések magyarjait végezték ki. A lemészároltak száma 200 volt.
• Október 28-ról 29-re virradó éjszaka Borosbenedek 400 magyar lakosát végezték ki.
• Október 29-én Magyarigen 200 magyar lakosát ölték meg. Borosbocsárdon megközelítőleg 40 magyart végeztek ki.
• Algyógyon 85 magyart gyilkoltak meg.
• Marosújvárra a környékről 90 magyar nemest fogdostak össze, akiket Balázsfalvára akartak hurcolni. Azonban alighogy elindultak Marosújvárról, a csoportot egy román pap megimádkoztatta, majd mindannyiukat legyilkolták, holttesteiket a Marosba dobva.
• A székely lakosságú Felvincet a személyesen Avram Iancu által vezetett terrorista csürhe dúlta fel, itt 30 magyart öltek meg, az elmenekült lakosságból további 170 halt éhen vagy fagyott meg a téli hidegben.
• A leginkább elhíresült pusztítás a nagyenyedi vérengzés volt, mikor Sever Axente Sever(wd) és Simion Prodan több, mint tízezer embert számoló táborai 1849. január 8. és 11. között megközelítőleg 1000 magyar lakost mészároltak le, a református kollégiumot pedig elpusztították.
• 1849. május 8-án a román felkelők felégették Verespatakot, a magyar lakosságot pedig lemészárolták.
• Május 9-én, egy rövid ostromot követően Abrudbányán mészároltak le megközelítőleg 1000 magyart.
• Ugyanezen a napon Bucsesden további 200 magyart öltek meg.
• Május 17-én az Abrudbányára visszatérő lakosok közül meggyilkoltak legkevesebb 182 embert.